Ang kolonisasyon niining mga lagyo nga kayutaan nakab-ot tungod sa dili matarug nga pagbuut ug wala’y kakapoy nga trabaho sa usa ka grupo sa mga misyonaryo nga Heswita nga, nahibal-an nga ang mga nagbuntog wala makahimo sa pagpukan sa mga aborigine, nakahukom nga dad-on ang maayong balita sa kanila, sa ingon nakab-ot sa pulong nga wala makab-ot pinaagi sa mga armas.
Ingon niini sa katapusan sa ika-17 nga siglo, ilalom sa madasigon nga inisyatibo sa Heswita nga si Eusebio Kino, nga nakakuha pagtugot gikan sa mga awtoridad sa Espanya nga magsugod sa ekspedisyon ni Admiral Isidro Atondo y Antillón, ang mga misyonaryo miabut sa gitoohan nga usa ka isla, sa pag-ebanghelisador sa wala pa matudlo nga mga pumoluyo niini. Aron mahatagan pagtugot, gihimo sa Korona nga usa ka kundisyon nga ang pagpanakop himuon sa ngalan sa Hari sa Espanya ug nga ang mga misyonaryo mismo makakuha sa mga kahinguhaan aron matuman ang pakigsaad.
Ang una nga misyon, ang Santa María de Loreto, gitukod kaniadtong 1697 ni Padre José María Salvatierra, nga didto sa Tarahumara, ug nga gisugyot ni Padre Kino nga ipatuman ang daghang buluhaton. Si Santa María de Loreto sobra sa usa ka gatus ka tuig ang politika, pang-ekonomiya ug relihiyoso nga kapital sa mga California.
Sa misunod nga tulo ka-kwarter sa us aka siglo, ang mga misyonaryo nagtukod sa usa ka kadena nga napulog walo ka bantog nga kuta, nga gisumpay sa gitawag nga "harianong dalan" nga sila mismo ang naghimo, nga nagkonektar sa rehiyon sa Los Cabos, sa habagatan sa peninsula, sa karon nga utlanan sa among silingan sa amihanan; Posible kini tungod kay taliwala sa mga misyonaryo adunay mga chaplain nga adunay kahibalo sa konstruksyon ug hydraulic engineering.
Ang pila sa mga mabug-at nga konstruksyon nga kini mabuhi sa hingpit nga kahimtang, sama sa San Ignacio, usa sa labing matahum ug labing gipreserbar, nga gitukod ni Padre Juan Bautista Luyando kaniadtong 1728; ang sa San Francisco Javier, gitukod kaniadtong 1699, nga gilangkuban sa usa ka mapaubsanon nga adobe chapel ug balay sa usa ka pari nga gitukod ni Fray Francisco María Piccolo; ang karon nga bilding gitukod kaniadtong 1774 ni Padre Miguel Barco, ug tungod sa matahum nga arkitektura kini giisip nga "mutya sa mga misyon sa Baja California Sur"; kana sa Santa Rosalía de Mulegé, gitukod kaniadtong 1705 ni Padre Juan María Basaldúa, 117 kilometros sa amihanan sa Loreto, usa sa labing kaayo nga lokasyon, tungod kay gitukod kini sa usa ka oasis sa dagat.
Gisagol sa mga misyon ang katahum sa arkitektura ug ang kadato sa dekorasyon nga adunay praktikal nga palibot, nga nagtugot sa mga permanente nga pag-areglo nga matukod sa ilang palibut. Ang mga misyonaryo dili lamang nag-ebanghelisador sa mga aborigine, apan gitudloan sila nga himuon nga mabungahon ang disyerto gamit ang mga palma sa petsa; gipaila nila ang baka ug ang pagpananom og mais, trigo ug tubo; Nakahimo sila sa paghimo sa yuta og mga prutas nga prutas sama sa avocado ug igos, ug aron makasunod sa relihiyosong mga ritwal nga nanginahanglan og bino ug lana, nakakuha sila og pagtugot sa pagtanom sa ubas ug punoan sa oliba, nga gidili sa nahabilin nga Bag-ong Espanya, ug salamat sa karon, ang maayo kaayo nga mga bino ug lana sa oliba gihimo sa rehiyon. Ug kung ang tanan nga kini dili igo, gipaila usab nila ang una nga mga rosas bushes nga ning-uswag sa kini nga mga yuta ug nga karon gidayandayanan ang mga parke ug tanaman sa tibuuk peninsula.
