Ang Kristiyanisasyon sa Yaquis mao ang nagtugot sa relihiyoso nga mokaylap kaniadtong 1609, nga nakalusot sa teritoryo sa Sonora.
Panahon sa Colony, si Sonora nagsulat ra sa mga bakilid sa Sierra Madre Occidental nga gilakip sa mga kinutuban sa entity. Ang rehiyon nga nagdagan paamihanan gikan sa Ilog Yaqui, lakip ang Real de la Cieneguilla, gitawag nga Pimería Baja ug ang pinakadako nga rehiyon gikan sa Real hangtod sa Colorado River - naa na sa karon nga estado sa Arizona sa North America - gitawag nga Pimería Alta.
Ang karon nga teritoryo sa Sonoran adunay usab gamay nga rehiyon sa habagatan-kasapdan sa kung unsa nga kaniadto nailhan nga Pimería, nga nahimutang sa estado sa Chihuahua ug Ostimuri, usa ka lugar nga nahimutang sa baybayon sa Golpo sa California, taliwala sa mga sapa sa Mayo ug Yaqui.
Niadtong 1614 ang mga misyonaryo nga sila Pérez de Rivas ug Pedro Méndez nagpakristiyanohan sa mga Maya sa lugar sa Ostimuri, nga gibahin ang misyon sa tulo nga Mga Distrito: Santa Cruz (sa baba sa Mayo), Navojoa ug Tesia.
Ang Tepahues gihiusa kauban ang mga Cornicaris kaniadtong 1620. Gitukod ni Padre Miguel Godínez ang misyon sa San Andrés de Cornicari ug Asunción de Tepahui . Nianang mao gihapong tuig gitukod ang Rectorate of San Ignacio, diin kauban, dugang sa lima nga gihisgutan nga misyon, ang mga sa Bacúm, Torín ug Rahún, nga naa sa baba sa Yaqui.
Niadtong 1617 ang Yaquis nakabig sa mga ginikanan nga sila Pérez de Rivas ug Tomás Basilio. Bisan sa pag-antos sa mga pag-alsa, kagubot, pagsakit, ug pagpatay sa mga tawo, ang pagkakabig ni Sonora labi ka tulin ug labi ka sigurado. Sa ika-17 nga siglo ang mga Heswita nagpadako ug gitukod ang misyon sa Maycoba ug Yecora sa habagatan-kasapdan nga bahin sa ilang nahibal-an nga Chínipas.
Ang mga misyon gikan sa Yaqui River sa amihanan gibahin sa upat nga mga rektoryo: ang sa San Borja gihiusa ang misyon sa: Cucumaripa ug Tecoripa , gitukod kaniadtong 1619; Movas ug Onovas, kaniadtong 1622; Sahuaripa kaniadtong 1627; Matape kaniadtong 1629; Onapa kaniadtong 1677 ug Arivechi , kaniadtong 1727. Ang Rectorate of the Three Holy Martyrs sa Japan nga kauban ang Batuco nga gitukod kaniadtong 1627, Oposura kaniadtong 1640 ug Bacadeguachi , Mga bayabas , Santa María Baceraca ug San Miguel Bavispe , gitukod kaniadtong 1645. Ug ang Rectorate of San Javier nga naghiusa sa mga misyon sa Ures kaniadtong 1636; Aconchi, Opodepe ug Banámichi kaniadtong 1639; Cucurpe ug Arizpe kaniadtong 1648, ug Cuaquiárachi kaniadtong 1655.
Niadtong 1687 ang misyonaryo nga si Eusebio Francisco Kino misulod sa Pimería Alta ug gisugdan ang mga misyon sa Rectorate sa Nuestra Señora de los Dolores, pagtukod: Caborca, diin gitudlo si Francisco Javier Saeta nga nagpadayon sa pagsulat sa iyang espirituhanon nga suporta, ang amahan Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows gikan sa Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera ug Imuris.
Pagkahuman sa pagpalagpot sa mga Heswita, ang mga misyon ang namahala sa mga Franciscan, nga wala na nagpatindog ug gilimitahan lamang ang ilang kaugalingon sa pagsulay nga mapreserba ang mga naa na. Sa higayon nga ang mga Heswita nakapagtindog na og mga puy-anan sa Sinaloa ug Sonora, giliso nila ang ilang mga mata sa teritoryo sa California.
