Ang kanunay nga pagsulong sa mga mananakop sa Espanya nga si Don Nuño Beltrán de Guzmán padulong sa kasadpang kayutaan sa nasud, aron madugangan ang iyang gahum ug gahum sa mga teritoryo, nga miresulta sa pagtukod sa usa ka bag-ong probinsya nga gitawag nga Kingdom of New Galicia
Ang rehiyon gipuy-an sa lainlaing mga grupo sa mga lumad, nga padayon nga giguba ang mga pamuy-anan nga gitukod sa mga Kastila dinhi. Ang tenyente ni Nuño de Guzmán, si Kapitan Juan B. de Oñate nakadawat mga mando nga pakalmaon ang mga kana nga probinsya ug pangitaon ang Villa de Guadalajara sa lugar nga gitawag og Nochistlán, usa ka katinuud nga nahuman niya kaniadtong Enero 5, 1532. Tungod sa kanunay nga pag-atake sa mga lumad sa lungsod kinahanglan siya nga mobalhin usa ka tuig sa ulahi sa Tonalá ug sa ulahi sa Tlacotlán. Ang ikatulo nga pagbalhin gihimo aron husayon ang lungsod sa Atemajac Valley, diin ang lungsod tinong natukod kaniadtong Pebrero 14, 1542 nga adunay presensya ni Cristóbal de Oñate isip gobernador sa New Galicia ug Don Antonio de Mendoza, unya ang viceroy sa New Spain, nga nagtudlo kay Miguel de Ibarra nga mayor ug tenyente gobernador.
Kusog ang pag-uswag sa syudad ug nagsugod sa pag-indigay sa Compostela (karon Tepic), nga mao ang lingkoranan sa relihiyoso ug sibil nga gahum, mao nga gipahamtang sa mga lumulopyo sa Guadalajara ang ingon pagpamugos sa mga awtoridad sa Audiencia, nga ang hari Nakahukom si Felipe II nga mag-isyu usa ka Cédula nga gipetsahan og Mayo 10, 1560 aron mobalhin gikan sa Compostela ngadto sa Guadalajara, Cathedral, Royal Court ug mga opisyal sa Treasury.
Ang istraktura sa kasyudaran giplano sumala sa ubang mga kolonyal nga syudad, busa ang layout niini gihimo sa porma sa usa ka chessboard gikan sa kung unsa ang plasa sa San Fernando. Sa ulahi ang mga kasilinganan sa Mexicaltzingo ug Analco gitukod ni Fray Antonio de Segovia, ug ang kasilinganan sa Mezquitán, usa sa labing karaan. Gipatindog usab ang mga balay sa hall city, atbang sa karon nga templo sa San Agustín ug ang una nga simbahan sa parokya kung diin mahimutang ang Palace of Justice.
Karon, ang usa ka bantog nga syudad, nga mabungahon sa mga kolonyal nga mga bilding, nagpasundayag daghang numero nga may kalabutan nga mga pananglitan sa arkitektura, sama sa Cathedral niini, usa ka kinahanglan makita nga site, nga gitukod taliwala sa 1561 ug 1618 sa arkitekto nga si Martín Casillas. Ang iyang estilo giklasipikar nga incipient baroque. Ang lig-on nga istraktura niini misaka sa atubangan sa karon nga Plaza de Guadalajara, nga adunay mga kaikag nga mga tore nga, bisan dili sila nahisakop sa orihinal nga istilo sa bilding, karon giila nga usa ka simbolo sa kapital sa Guadalajara. Ang mga nahauna nga torre nadaut sa ika-19 nga siglo pinaagi sa usa ka linog, nga tungod niana ang mga sa karon adunay gidugang. Ang sulud sa templo naa sa usa ka istilo nga semi-Gothic, lakip ang mga vault nga hinimo sa puntas.
Ang uban pang mga relihiyosong lugar gikan sa ika-16 nga siglo mao ang kombento sa San Francisco, gitukod kaniadtong 1542 nga duul sa suba, sa kasilinganan sa Analco, ug hapit hingpit nga nadaut sa Repormasyon. Ang templo niini, giayo sa katapusan sa ika-17 nga siglo, nga adunay baroque façade sa kasarangan nga linya sa Solomon, natipig. Ang kombento sa San Agustín, gitukod kaniadtong 1573 sa Royal Ordinance of Felipe II ug karon gipreserba ang templo niini nga adunay nawong nga grabe nga linya sa Herrerian ug ang sulud niini nga adunay mga ribete vault.
Ang Santa María de Gracia, usa pa nga pundasyon sa kombento, giokupar sa mga madre nga Dominikano gikan sa Puebla, gitukod kaniadtong 1590 sa atubang sa Plaza de San Agustín ug gibayran ni Hernán Gómez de la Peña. Ang konstruksyon nakaabut sa unom ka mga bloke, bisan karon ang templo lamang niini ang nagpadayon, nga adunay neoclassical facade gikan sa ikaduhang tunga sa ika-18 nga siglo.
