Carlos V, pinaagi sa Royal Decree kaniadtong Hulyo 1529, gihatagan kang Cortés ang titulo nga Marquis sa Walog sa Oaxaca ug ang posisyon ni Kapitan Heneral sa New Spain, nga adunay 23 ka libo nga mga vassal ug 11,550 km. sa teritoryo, wala’y labot ang lungsod sa Espanya nga Antequera de Guaxaca (gitukod kaniadtong 1523).
Ang ulahi gihatagan titulo sa lungsod kaniadtong 1532; ang stroke niini tungod sa Alonso García Bravo. Gikan sa pagsugod niini naglihok kini isip usa ka punoan nga administratibo alang sa mga opisyal sa harianon ug alang sa mga gisugo sa Marquis. Kini usab ang punoan nga punoan diin nagsugod ang pagsakop sa espiritu. Ang sakit sa mga lumad sa wala pa ang pagsakop sa militar ug ang dili maayong pagtratar sa mga encomenderos, hinayhinay nga napagaan sa pag-abut sa mga mabinantayon, tawhanon, mapaubsanon ug mabination nga mga lalaki nga wala’y kahadlok nga giatubang ang mga encomenderos aron mapanalipdan ang lumad; apan diin, sa baylo, nakaigo sa labing kabug-at nga hampak pinaagi sa pagguba sa iyang daang relihiyon. Ang mao nga mga tawo mao ang sa Order of Preachers, nga usa ka tuig pagkahuman sa ilang pag-abut sa New Spain kaniadtong 1526 nagsugod ang pag-ebanghelisador sa Huaxyacac.
Si Fray Domingo de Betanzos (1480-1549) mao ang nagtutukod sa kana nga Orden sa New Spain. Nakigtagbo siya kang Cortés, nga nagsuporta kaniya sa iyang katuyoan. Kauban sa mga prayle nga sila si Gonzalo Lucero ug Bernardino de Minaya, nakaabot siya sa Oaxaca kaniadtong 1528, gikan diin nagsugod ang tulo sa ilang pagka-apostoliko. Si Minaya miadto sa Roma kaniadtong 1527 aron magreport bahin sa kahimtang sa mga Indian. Tungod kaniya nga ang Santo Papa, sa Bull Sublimis Deus kaniadtong 1537, nagdeklara sa katarungan sa mga Indian ug sa ilang katungod sa pagdumala sa ilang kaugalingon, ingon man usab adunay pagpanag-iya.
Ang dili makatawhanon nga pagkaulipon ug ang bug-at nga trabaho nga gipahamtang sa mga Katsila sa mga lumad, nagpalihok sa mga pag-alsa diin direktang pagtubag ang Crown uban ang makatarunganon ug mabinantayon nga mga balaod (bisan kung sa daghang mga kaso wala sila tagda) Ang diwa sa Korona determinado nga naimpluwensyahan sa opinyon sa relihiyoso sama ni Fray Bartolomé de las Casas, nga nagsulat: "… kung unsa ang gusto nako isulti ug kini tinuod, mao nga ang mga Indian natawo nga gawasnon, nga sila adunay kagawasan sa kinaiyanhon ug kana nga relihiyon. Gikuha niya ang ilang kagawasan o gibutang sila sa pagkaulipon ”. Sa ingon gitudlo ang ikaduha nga Audiencia, nga gipangulohan ni Sebastián Ramírez de Fuenleal (obispo sa Hispaniola), kinsa, sa pag-agi sa New Spain, nangadto dayon sa Oaxaca diin nahunong niya ang pag-alsa nga nagsugod sa mga sentro nga walog (Ejutla , Ocotlán ug Mihuatlán).
Ang trabaho nga gisugdan sa una nga duha ka mga misyonaryo naputol sa diha nga si Lucero nakahukom nga magpabilin ug magpuyo sa Tlaxiaco ug gitukod ang simbahan sa parokya, samtang ang Minaya, tungod sa pagpit-os gikan sa mga encomenderos sa wala pa ang Audiencia, gipapahawa sa Espanya.
Daghan pang mga relihiyoso ang miabut sa ika-16 ug ika-17 nga siglo sa teritoryo nga ilang gitawag nga Lalawigan sa San Hipólito Mártir (1592) ug hangtod sa rehiyon sa Mixtec. Nagpatindog sila og mga templo ug mga kombento sa labing kahinungdan nga mga lungsod ug adunay daghang mga lumulopyo. Una sa tanan nahibal-an nila ang mga lokal nga sinultian ug gisulat ang doktrina sa mga sinultian ug bokabularyo.
Ang tigpamaba nga si Fray Francisco de Burgoa nagsulti nga aron mabuntog ang lumad nga kasingkasing kinahanglan nga ipakita kanila nga gipangita nila ang ilang mga kalag, dili panamtang nga mga butang; Tungod niini, gipangayo ni Fray Betanzos gikan sa iyang relihiyoso nga “… grabe nga kakabus sa pagkaon, mga batasan, tsinelas, pagbiyahe, cell, ug uban pa… adunay sila duha nga tabla matag higdaan, banig alang sa kutson, ilang naandan nga unlan ug gitabunan ang ilang kaugalingon og us aka habol… Wala sila nakatilaw og karne o bino o bisan unsa nga delikado nga pagkaon. Kasagaran, labi na kung kauban sila sa mga Indian, nagkaon ra sila mga beans ug mga tortilla nga gama sa mais, nga wala’y panimpla sa bisan unsang klase ”.
Hangtod sa tuig 1679 diin gisulat ni Burgoa ang iyang Descriptive Geography, adunay total nga 51 nga relihiyosong konstruksyon sa Oaxaca lamang, ug usa ka wala maihap nga ihap sa mga simbahan ug ermitanyo nga gitukod sa ilalum sa iyang direksyon. Pagka 1540, ang tanan nga kaluho gidili na sa paghimo og mga kombento aron malikayan ang sobrang gasto alang sa mga Indian ug kakapoy.
Ang mga Franciscan, Augustinians, Dominicans, ug Mercedarians, nagpuyo usab sa Oaxaca, nga ang ilang trabaho naa sa usa ka gamay nga sukod kung itandi sa Dominican nga trabaho. Ang sekular nga klero natukod gikan pa sa ika-16 nga siglo; Nakigbisog siya pag-ayo aron makuha ang ilang mga simbahan gikan sa regular nga klero ug sa hinayhinay siya milampos.
Sa ingon gitukod nila ang 18 ka mga kombento sa rehiyon sa Mixtec, lakip niini ang: Yanhuitlán, Teposcolula, Coixtlahuaca, Tamazulapan, Tonalá, Chila, Huajuapan, Juxtlahuaca, Jaltepec, ubp. Sa rehiyon sa Zapotec 23 ka mga kombento: Etla, Cuilapan, Zaachila, Santo Domingo de Oaxaca, Tlalxiaco, Tlacochahuaya, Teitipac, Jalpa del Marqués.
Sa rehiyon sa Mixe, upat ka mga balay: Totontepec, Quetzaltepec, Juquila.
Sa rehiyon nga Chontal, upat ka mga parokya: Tequisistlán, Quiangoloni, Tlapacaltepec ug Quiechapa. Sa rehiyon sa Huave ang parokya sa San Francisco del Mar.
